On pensait bien connaître la bouche, son microbiome et ses bactéries bien répertoriées. Las ! Une équipe de l’Université de Tokyo vient de mettre au jour un ADN passé totalement inaperçu : les Inocles. Ces éléments génétiques d’une taille inhabituelle ont fait l’objet d’une récente étude parue dans la revue Nature Communications. Selon ses conclusions, près de 74% de la population mondiale pourrait en être porteuse.
Si les Inocles étaient restés invisibles jusqu’ici, c’est que les outils classiques de séquençage découpaient l’ADN en fragments trop courts pour révéler de tels géants. L’équipe japonaise a donc misé sur le séquençage longue lecture, capable de reconstituer de très grands morceaux de matériel génétique. Un second levier a été décisif : la méthode preNuc, mise au point pour retirer l’ADN humain des échantillons de salive et laisser apparaître l’ADN bactérien, détaille un communiqué du labo.
Grâce à cette combinaison, les chercheurs ont pu assembler pour la première fois un génome complet d’Inocle. «C’est comme découvrir un livre avec des notes de bas de page agrafées», résume l’un d’eux dans un communiqué. En fait, ces ADN géants ne flottent pas seuls, car ils vivent à l’intérieur d’un hôte bactérien familier du microbiome oral, le streptococcus salivarius.
Un nouvel acteur du microbiome oral
Cette longueur n’est pas anecdotique. Elle abrite des gènes associés à la résistance au stress oxydatif, à la réparation de l’ADN, à la paroi cellulaire ou encore à la réponse au stress extracellulaire. De quoi imaginer un rôle actif dans l’adaptation des bactéries de la bouche… Les Inocles pourraient aider les bactéries à résister aux variations constantes de l’environnement buccal et à mieux coloniser la cavité orale.
«Nous pouvons commencer à explorer la manière dont ils influencent la relation entre les humains, leurs microbes résidents et la santé buccale», se réjouissent les chercheurs japonais, qui souhaitent désormais développer des méthodes pour cultiver les bactéries porteuses d’Inocles, notamment pour mieux comprendre leur rôle dans des affections courantes comme les caries ou les maladies gingivales.
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